没有料想到地球方面会拥有“中子干扰消除器”的ZAFT军被打得大败。醉心于“博亚兹”的胜利的地球联合军，更进一步地向PLANT本国发射了核弹，幸好被驾驶自由高达和正义高达的吉良和阿斯兰联手阻止。
焦虑不已的帕特利克·萨拉生怕“染血的情人节”的悲剧再现，决定对地球联合军的舰队使用ZAFT方面的核武器——“Genesis”。
第四十八话：怒りの日
ZAFT军的秘密武器“创世纪”所放出的γ射线肆意地射向地球联合军的宇宙舰队，地球联合军伤亡惨重。虽然深为“创世纪”的恐怖所震撼，蓝色波斯菊的盟主阿兹拉艾尔却主张继续攻击。
在彼此的兵器的恐怖和被煽动的战意驱动下，地球联合军和ZAFT军开始向你死我活的战场发进。
另一方面，吉良等人为了阻止核武器和创世纪继续造成破坏，决定介入地球联合军和ZAFT军的死斗。最终之战的序幕，即将拉开。
第四十九话：終末の光
“创世纪”发动了第二波攻击，直接摧毁了月面基地，从月面基地出发的地球联合军舰队也被全灭。断绝了后路和援军的主天使号在阿兹拉艾尔的坚持下只得孤军奋战。
在激烈的战斗中，M1 Astray小队成员大半阵亡，使得卡嘉莉的种能力觉醒；禁断高达和灾厄高达相继被赶来协助的决战高达和正义高达击毁；穆所驾驶的强袭高达在与克鲁泽驾驶的天命高达的对决中受损，不得不暂时撤回大天使号。
大天使号和主天使号仍然在持续地互相攻击。娜塔尔不愿意再继续这种毫无意义的战斗，在阿兹拉艾尔举枪威胁下仍然下令全员弃船，结果自己被阿兹拉艾尔射杀。
阿兹拉艾尔单独对大天使号发动了最后的进攻，穆驾驶强袭高达为大天使号挡住了这致命的一击，自己却壮烈牺牲。万分痛苦的玛琉下令击毁了主天使号。
第五十话：終わらない明日へ
感应到克鲁泽的存在的吉良驾驶着自由高达与天命高达开始了死斗。混战中，迪亚克所驾驶的暴风高达被天命高达的浮游炮击中；驾驶决战高达的伊扎克前来援救，却被强夺高达所阻击。决战高达使用了暴风高达的大型光束炮，将无论是机体还是机师都到达极限的强夺高达击毁，克罗特战死。
在与克鲁泽的死斗中，吉良处于一边倒的不利局面，流星系统也被击毁。就在这时，吉良突然发现了逃生艇上的芙蕾，当两人行将见面时，逃生艇被天命高达的浮游炮击毁，芙蕾死亡。
草薙号和永恒号同时向创世纪开火，但由于相转移装甲的保护，创世纪安然无恙。阿斯兰和卡嘉莉决定进入雅金·杜埃要塞内部来破坏创世纪。
陷入疯狂的帕特利克·萨拉将创世纪的下一个目标定为北美大陆的华盛顿，并开枪打伤了劝阻他的部下，最后被部下射杀。
雅金·杜埃的自爆系统被启动，然而自爆程序上还连带着创世纪的发射命令。阿斯兰决定以一己的牺牲让正义高达在雅金·杜埃内部自爆来阻止创世纪的发射，却被卡嘉莉劝阻。
吉良与克鲁泽的死斗也终于到了最后。天命高达的驾驶舱遭到自由高达光束剑的直击，克鲁泽死亡。雅金·杜埃发生爆炸，创世纪同时发射，天命高达首当其冲，自由高达也被波及。
PLANT临时最高评议会发布了停战通告，战争终于结束。劫后余生的阿斯兰和卡嘉莉相拥而泣。
在从大天使号上飞出的机械鸟的带领下，阿斯兰和卡嘉莉找到了飘浮在宇宙中的吉良。
——全剧终——
相关名词解释:
宇宙纪元（コズミック·イラ）：简称C.E.，SEED剧中的年代坐标。
自然人（ナチュラル）：未经遗传因子操作的普通人。与新人类相比，能力相对较低。
新人类（コーディネーター）：接受遗传因子操作而诞生的人类，头脑及身体都比自然人出色，其中的绝大多数作为宇宙移民居住在实验殖民卫星“PLANT”，主要承担宇宙开发工作，但与自然人之间的矛盾也愈演愈烈。
地球联合军：全称为Oppose Militancy Neutralize Invasion Enforcer，简称“OMNIE”，建造高达的大西洋联邦及拥有军事卫星阿尔特弥斯的欧亚联邦均参加了这个组织。。
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